Le judaïsme médiéval s’épanouit dans les deux grandes aires culturelles que sont le monde musulman et le monde chrétien.
Au sein des sociétés islamiques, les Juifs sont assujettis, comme les chrétiens, au statut de dhimmi, par lequel ils sont à la fois soumis au pouvoir politico-religieux (ils sont redevables d’un certain nombre de taxes et subissent certaines obligations discriminantes), mais ils sont également, en tant que « gens du Livre »,  protégés et autorisés à pratiquer leur religion, dans certaines limites cependant. Les premiers siècles du judaïsme en terre musulmane sont marqués par un foisonnement intellectuel et religieux dont le rayonnement s’étend à l’ensemble du monde juif et par la production de commentaires talmudiques et d’œuvres spirituelles majeures: c’est la période des « geonim » (les présidents des académies religieuses babyloniennes). Si l’hébreu est alors la langue de la liturgie, l’arabe est celle du savant.
À partir du XIIe siècle, d’autres foyers intellectuels juifs s’affirment et viennent compléter la formalisation des codes et des rites du judaïsme. L’Espagne et l’Afrique du Nord sont alors des espaces majeurs de rayonnement qui voient fleurir aussi bien les études talmudiques que les sciences profanes comme la médecine, l’astronomie ou encore les lettres. On assiste notamment à une très grande production littéraire en hébreu, avec de grandes figures comme par exemple Judah Halévi. Mais la grande figure de cette période, c’est d’abord Moïse ben Maïmon, dit Maïmonide (vers 1135- 1204). Homme de sciences, médecin, mais aussi philosophe et talmudiste, Maïmonide a eu une influence majeure et pluriséculaire non seulement sur l’ensemble des communautés juives, mais aussi auprès des sociétés non juives. Il est notamment à l’origine de l’introduction de la philosophie aristotélicienne comme méthode d’exégèse du texte biblique, et il est ainsi le père de l’approche rationaliste du judaïsme.
L’Espagne -notamment la ville de Gérone- offrit également, après qu’elle est apparue au sein du judaïsme provençal, un contexte favorable à l’expression de l’approche kabbalistique du texte biblique. Cette tradition ésotérique du judaïsme, dont les adeptes estiment qu’elle leur permet de se rapprocher spirituellement de Dieu, a notamment donné naissance au Sefer Ha-Zohar (Le Livre de la Splendeur), rédigé en araméen et qui propose une exégèse ésotérique et mystique du texte biblique. La fin du Moyen Âge et l’expulsion des Juifs d’Espagne ne mit pas fin à la popularité de la Kabbale qui s’est poursuivie à travers les siècles et s’est étendue à d’autres espaces du monde juif.
Au sein de la chrétienté, les Juifs -dont beaucoup préexistaient à la christianisation de l’Occident- vivent des périodes variées, marquées par une plus ou moins grande tolérance, ou au contraire par des persécutions plus ou moins violentes et récurrentes. À partir des Xe et XIe siècles, les communautés juives connaissent dans l’ensemble de l’Europe un très fort mouvement d’urbanisation et leurs ressortissants, qui occupent des fonctions très diverses, participent largement au développement économique et culturel des sociétés chrétiennes. Les Juifs y connaissent cependant des épisodes particulièrement difficiles, à commencer par les croisades (entre 1096 et 1291) dont ils sont souvent les premières victimes. Ils subissent par ailleurs régulièrement des mesures vexatoires, comme par exemple le port de signes, permettant de les distinguer des chrétiens, décidé lors du quatrième concile de Latran (1215). La fin du Moyen Âge est le théâtre dans certains pays européens d’un regain de violence à l’égard des Juifs, en Espagne et au Portugal par exemple, où ces derniers sont contraints à la conversion au christianisme, mais néanmoins souvent suspectés de continuer à pratiquer leur religion d’origine en secret (les conversos ou nouveaux chrétiens). La fin du XIIIe siècle et les deux siècles qui suivent ont vu se multiplier les expulsions d’Europe occidentale. Ce fut le cas par exemple en France, en 1306, sous Philippe le Bel, mais aussi et surtout dans toutes les régions espagnoles et portugaises à la fin du XVe siècle. Les Juifs de la péninsule ibérique (ou sépharades) essaiment ainsi tout autour du bassin méditerranéen, notamment en Afrique du Nord ou au Levant, mais aussi dans les Balkans ou encore aux Pays-Bas. La fin du Moyen Âge voit aussi apparaître les premiers quartiers réservés ou ghettos (le premier naît à Venise en 1516) dans lesquels les Juifs sont contraints par les autorités publiques de résider. Ainsi, le début du XVIe siècle marque t-il le déplacement du centre de gravité des diasporas juives en Europe chrétienne de l’Ouest vers l’Est.
Les derniers siècles du Moyen Âge sont cependant marqués également par d’intenses réflexions et exégèses qui s’expriment à travers des commentaires talmudiques nombreux et très riches. On peut citer par exemple la grande figure de Rachi de Troyes (1040-1105), rabbin et intellectuel multiple, qui a produit des commentaires talmudiques importants, mais aussi une exégèse biblique qui fait référence dans l’ensemble du monde juif. Rachi fut aussi un très grand passeur entre juifs et chrétiens, ses travaux ayant également influencé certaines grandes figures de la chrétienté médiévale.
À partir du XVIe siècle, on retrouve en France, notamment dans des villes comme Bordeaux, Bayonne ou encore Rouen de nombreux conversos ayant toujours une pratique religieuse juive secrète (les marranes). Les juifs expulsés d’Espagne et du Portugal se sont dirigés nombreux également à Amsterdam, à tel point qu’on qualifie alors la capitale des Provinces unies de « Jérusalem du Nord », ville dont sont aussi partis les premiers Juifs qui se sont installés en Amérique du Sud, puis sur la côte Est de l’Amérique du Nord. Les Juifs de l’Empire ottoman dont beaucoup sont issus de la péninsule ibérique également ont entretenu un lien mémoriel et culturel fort avec leur patrie d’origine qui passe en particulier par l’usage, jusqu’à nos jours, de la langue judéo-sépharade. La tradition kabbalistique qui avait été forte au Moyen Âge en monde sépharade connaît par ailleurs un nouveau souffle à partir du XVIe siècle, notamment dans la ville de Safed. La normativité halakhique sépharade s’impose ainsi dans un monde ashkénaze exsangue, notamment par le biais du traité Shulhan Arukh (La Table dressée) de Jospeh Caro, publié au XVIe siècle.
Les Juifs subissent le contrecoup de la réaffirmation catholique lors de la Contre-Réforme, alors même que Luther, d’abord tolérant à leur égard, durcit ses propos lorsqu’il lui semble évident que ces derniers ne se rallieront pas au protestantisme. C’est en Europe centrale que le judaïsme ashkénaze connaît son plus grand rayonnement au XVIIe siècle, notamment en Pologne et en Bohême, même si dès le milieu du siècle s’y diffusent également le modèle du ghetto et les politiques restrictives. Des progroms sont par ailleurs perpétrés en Pologne, en particulier sous l’occupation russe, réactivant la misère, mais aussi le désespoir au sein des communautés juives d’Europe centrale et orientale. C’est ce contexte terrible qui favorise, dans la deuxième moitié du XVIIe siècle, l’émergence de théories messianiques dont certaines ont connu une prospérité certaine. Ce fut le cas notamment autour de Sabbataï Tsvi (1626-1676), juif né à Smyrne, qui affirme être le messie d’Israël et, dans un contexte général de crise du monde juif ashkénaze, rencontre un certain succès auprès des populations, et ce malgré les condamnations de la plupart des rabbins. Dénoncé par les autorités juives, puis exilé, Sabbataï Tsvi finit par se convertir à l’islam. Sa mort en 1676 n’empêche pas la résurgence, au XVIIIe siècle par exemple, de mouvements messianiques qui ont laissé une empreinte profonde dans la conscience et l’histoire juives.