Il giudaismo medievale fiorì nei due grandi ambiti culturali del mondo musulmano e cristiano Nelle società islamiche, ebrei e cristiani erano sudditi sotto lo status di dhimmi, secondo il quale essi dovevano sottostare al potere politico e religioso (essi dovevano pagare alcune imposte ed erano soggetti a certi doveri discriminanti). Ma, come "Gente del Libro", essi erano protetti ed era loro permesso praticare la propria religione, entro certi limiti. Nei primi secoli in cui l'ebraismo esisteva nelle terre musulmane, ci fu un'esplosione intellettuale e religiosa la cui influenza si estese al di là del mondo ebraico. Durante questo periodo, furono prodotti commentari talmudici e grandi opere spirituali; questo fu anche il tempo dei Geonim, i leaders delle accademie religiose babilonesi. Se l'ebraico era la lingua della liturgia, l'arabo era quella degli studiosi.
Dopo il XII secolo, furono istituiti altri centri intellettuali ebraici, che sancirono i codici e i rituali del giudaismo. Spagna e Nord Africa divennero centri nevralgici di influenza in cui fiorirono gli studi sia talmudici che profani, tra cui la medicina, l'astronomia e gli studi umanistici. La produzione di opere letterarie in lingua ebraica prosperò grazie a personaggi come Giuda Halevi. Ma la grande figura di questo periodo fu Moshe ben Maimon, conosciuto come Maimonide (circa 1135-1204). Egli fu uomo di scienza, medico, ma anche filosofo e studioso del Talmud e la sua influenza durò per molti secoli e si estese al di là del mondo ebraico. Egli introdusse la filosofia aristotelica come metodo esegetico del testo biblico ed è considerato il padre di un approccio razionalistico all'ebraismo.
La Spagna, in particolare la città di Gerona, emergendo come centro regionale del giudaismo, divenne un luogo che favoriva l'espressione di un approccio cabalistico al testo biblico. Questa tradizione esoterica dell'ebraismo, i cui seguaci credono che essa li avvicini a Dio, ha dato vita al Sefer Ha-Zohar (Il Libro dello Splendore). Esso venne scritto in aramaico e offriva un'esegesi esoterica e mistica del testo biblico. Alla fine del Medioevo, la cacciata degli Ebrei dalla Spagna non mise fine alla popolarità della cabala, che continuò nel corso dei secoli e si diffuse in altri luoghi del mondo ebraico.
Nella Cristianità, gli Ebrei che erano presenti prima della cristianizzazione dell'Occidente, vissero in successione periodi di relativa tolleranza o persecuzioni violente e ricorrenti. Dopo il X e l'XI secolo, le comunità ebraiche d'Europa attraversarono un periodo di urbanizzazione e gli Ebrei con professioni estremamente varie parteciparono allo sviluppo economico e culturale delle società cristiane europee. Tuttavia, gli Ebrei affrontarono anche periodi particolarmente difficili, a partire dalle Crociate (tra il 1096 e il 1291) di cui sono caduti vittima. A seguito di una decisione del quarto Concilio Lateranense (1215), furono soggetti a misure persecutorie, come ad esempio il vestire dei simboli, che li differenziavano dai cristiani. La fine del Medioevo in alcuni paesi europei fu un periodo di crescente violenza nei confronti degli Ebrei; in Spagna e Portogallo, per esempio, furono costretti a convertirsi al cristianesimo, ma anche sospettati di continuare a praticare in segreto la loro originaria religione (i conversos o nuovi cristiani). Alla fine del XIII secolo e nel XIV e XV secolo, le espulsioni degli Ebrei dall'Europa occidentale aumentarono. Questo fu il caso della Francia, nel 1306, sotto il dominio di Filippo il Bello, ma in particolare di tutta la Spagna e del Portogallo, alla fine del XV secolo. Gli Ebrei della penisola iberica (o Ebrei sefarditi) si trasferirono nel bacino del Mediterraneo, specialmente in Nord Africa e nel vicino Oriente, ma anche nei Balcani e nei Paesi Bassi. Alla fine del Medioevo, comparvero le prime aree riservate, i ghetti, (la prima fu a Venezia nel 1516), in cui gli Ebrei furono costretti a vivere. Alla fine del XVI secolo, il centro di gravità della diaspora ebraica si spostò dalla parte occidentale alla parte orientale di quella che era un'Europa cristiana.
Negli ultimi secoli del Medioevo, vennero prodotte vivaci riflessioni ed esegesi attraverso una serie di commentari talmudici. Ad esempio, Rachi de Troyes (1040-1105), rabbino e studioso, scrisse importanti commentari talmudici, così come un'esegesi biblica, che è diventata un'opera di riferimento in tutto il mondo ebraico. Rachi fu anche un grande intermediario tra Ebrei e Cristiani e il suo lavoro ha influenzato molte illustri figure cristiane medievali.
Dopo il XVI secolo, vari conversos praticavano segretamente l'ebraismo (marrani) in Francia, in vari centri inclusi Bordeaux, Bayonne e Rouen. Gli Ebrei che furono espulsi dalla Spagna e dal Portogallo si diressero ad Amsterdam in così gran numero che la città fu considerata la capitale delle province unificate della "Gerusalemme del Nord", da dove i primi Ebrei partirono per stabilirsi in Sud America e sulla costa orientale degli Stati Stati. Gli Ebrei dell'impero ottomano, molti dei quali provenivano dalla penisola iberica, conservarono il ricordo e i legami con il loro paese d'origine mantenendo viva la lingua sefardita-ebraica. La tradizione della cabala, che era diffusa nel mondo sefardita del medioevo, fiorì dopo il XVI secolo, in particolare nella città di Safed. La norma sefardita della Halakha prevalse nel malconcio mondo ashkenazita attraverso il trattato Shulchan Arukh (Tavola apparecchiata) di Joseph Caro, pubblicato nel XVI secolo.
Gli Ebrei soffrirono molto per le ripercussioni della riaffermazione cattolica durante la Controriforma. Anche se Lutero inizialmente era tollerante verso di loro, indurì il suo atteggiamento quando si rese conto che non avrebbero aderito al movimento protestante. Nell'Europa centrale, il giudaismo ashkenazita conobbe il suo massimo momento di gloria nel XVII secolo, in particolare in Polonia e in Boemia, sebbene a metà del secolo si diffusero i ghetti e le politiche restrittive. I pogrom commessi in Polonia, in particolare sotto l'occupazione russa, riacceso la miseria, ma anche la disperazione tra le comunità ebraiche in Europa centrale e orientale. Fu questo terribile contesto che favorì, nella seconda metà del XVII secolo, il nascere di teorie messianiche, alcune delle quali prosperarono. Ad esempio, Sabbatai Zevi (1626-1676), un ebreo nato a Smirne, sostenne di essere il Messia d'Israele, e, nel mezzo di un periodo di fermento nel mondo ebraico ashkenazita, ebbe in parte successo, nonostante fosse stato condannato dalla maggior parte dei rabbini. Dopo che fu denunciato dalle autorità ebraiche e mandato in esilio, Sabbatai Zevi finì per convertirsi all'Islam. Ma la sua morte, nel 1676, non impedì la ripresa dei movimenti messianici che lasciarono un profondo segno sulla coscienza e sulla storia ebraica del XVIII secolo.