À la mort de Muhammad, la question de sa succession oppose deux légitimités, celui des Compagnons soutenus par la tradition tribale du choix d'un chef par un conseil de notables et le « Parti de 'Alî ». Les premiers l'emportent et 'Alî ne deviendra calife que de 656 à 661. Dans la doctrine shî'ite et selon un hadîth « Les gens de ma famille sont comparables à l'arche de Noé. Quiconque prend place sur cette arche est sûr d'être sauvé. Quiconque s'en éloigne périt ». Dieu a confié la direction des musulmans à un Imâm issu de la famille du Prophète, 'Alî, ses fils Hasan et Huseyn, et leurs descendants.
Dieu a choisi l'Imâm pour dévoiler le sens caché (bâtin) de la Révélation. Privé de cette initiation le Coran restera un « Livre silencieux ». L'Imâm — appelé aussi « Coran parlant » — est le « Guide » infaillible de la communauté ", il doit être juste, « très pur » le plus parfait (afzal). Selon les duodécimains, depuis sa « grande occultation » en 940, le douzième Imâm vit caché, il reviendra à la fin des temps rétablir la justice. Dans cette attente, il guide les croyants par l'intermédiaire de savants, les mollahs. La doctrine juridique, mystique, philosophique a été élaborée pendant la période abbasside. Elle présente peu de différences avec la jurisprudence sunnite à l'exception de trois sujets, le mariage temporaire , la répudiation, les règles de l'héritage et de la succession.
L'ismâ'îlisme et le zaydîsme se séparent du shî'isme imamîte duodécimain en arrêtant la généalogie des imâms avant le 12e, les Ismâ'îlites en ont sept et les zaydîtes, cinq.
Certains rites et fêtes sont particuliers au shî'isme. Les cinq prières sont regroupées en trois temps. Les orants posent sur le tapis de prière un petit pavé d'argile et y posent leur front lors des prosternations rituelles.
Selon les ethnies et les pays, les shî'ites représentés dans toutes les grandes aires du monde musulman, célèbrent le deuil de l'Âshûrâ', selon des formes diverses (chants, lamentations, dons du sang...) ne comportant pas toujours des auto-flagellations. Au Pakistan les violences « sectaires » meurtrières opposent sunnites et shî'ites (près de 1/5 de la population totale) depuis la Révolution islamique en Iran (1979). Le conflit se politise et la commémoration du « martyre » de l'Imâm Huseyn est placée sous haute surveillance.
La tragédie du « martyre » de Huseyn et de sa famille, est traditionnellement représentée en Iran dans un genre particulier, le ta'zîeh.
Les shî'ites vénèrent les tombeaux des Imâms, de leurs descendants considérés comme descendants de la famille du Prophète. Les grands centres de dévotion sont les "Seuils" sacrés : en Irak avec les mausolées des Imâms (Huseyn à Karbala , 'Alî à Nadjaf) ; et en Iran, à Mashhad, la tombe du 8e Imâm, Rezâ.
L'histoire du shî'isme peut se découper en plusieurs périodes : celle des fidèles du « Parti de 'Alî » et des Imâms jusqu'au xe siècle suivie de l'élaboration du corpus des traditions et de la doctrine (xe – xiiie siècles). Les siècles qui séparent l'invasion mongole de l'avènement des Safavides d’Iran qui instaurent le shî'isme comme doctrine d’État, s'accompagnent d'un foisonnement remarquable en littérature, philosophie, théologie, mystique... Depuis le xvie siècle s'affirme une nouvelle tendance instrumentalisant la religion en politique avec la doctrine du velâyat-e-faqîh.
La théorie de la « souveraineté du juriste-théologien » ne fait pas l'unanimité des grandes personnalités religieuses du shî'isme, aussi bien en Iran qu'au Liban, Afghanistan, Irak. En 1989, le choix du successeur de Khomeiny — Guide de la révolution — s'est porté sur Khameneï qui n'était pas considéré comme un grand ayatollah. Khameneï exerce le rôle politique de Guide de la République islamique.