Parmi les figures d’autorité, se trouvent les ministres de culte, c’est-à-dire les personnes qui sont au service (c’est le sens du terme « ministre ») de la communauté. Les premières communautés chrétiennes avaient une direction collégiale, sans hiérarchie véritable, avec des episcopoi (« surveillants »), des presbyteroi (« anciens ») et diaconoi (« serviteurs »). Les premiers étaient en particulier chargés de présider l’assemblée et d’arbitrer les conflits. Il y avait aussi d’autres ministères, comme les prophètes et prophétesses.
Peu à peu, selon une chronologie variable en fonction des lieux, au cours du iie et du iiie siècle, la direction devient monarchique avec un episcopos, que l’on peut désormais appeler évêque ; ses pouvoirs augmentent. Cette situation monarchique apparaît pour la première fois clairement dans les lettres attribuées à Ignace d’Antioche dans la première moitié du iie siècle. L’évêque, chef de la communauté chrétienne, est à la fois un arbitre des conflits internes, un guide théologique et il a un rôle sacramentel important ; il se présente de plus comme le successeur des apôtres. Au cours du iiie siècle et des siècles suivants, plusieurs évêques interviennent dans les débats théologiques de l’époque, contribuant à la mise en place de dogmes, d’un canon des Écritures et d’une « orthodoxie » (opinion droite). Une hiérarchie s’instaure : l’évêque est aidé dans ses tâches par les presbytres, les prêtres (qui peuvent conférer des sacrements) et il est assisté par des diacres, qui veillent sur les fidèles et gèrent les ressources communes.
Avec l’augmentation des communautés et le développement de la liturgie, le nombre de ministres augmente, les tâches se spécialisent : lecteurs, exorcistes, chantres, portiers, etc. D’anciennes fonctions disparaissent, comme les prophètes et les prophétesses après le iiie siècle.
Il y a également une hiérarchisation des évêques, avec des évêques métropolitains (appelés plus tard archevêques) et des patriarches qui sont au nombre de cinq : Jérusalem, Antioche, Alexandrie, Rome et Constantinople. Le patriarche de Rome n’a qu’une primauté honorifique, mais à partir de la seconde moitié du ive siècle, il devient plus important et le nom de pape (du latin « père ») lui est exclusivement réservé, en tant que successeur de l’apôtre Pierre.
Cette hiérarchie a une base territoriale, reprenant en grande partie le découpage administratif de l’empire romain. Elle contribue ainsi à christianiser l’espace.
Avec le temps, deux patriarches acquièrent la prééminence sur les autres : celui de Rome et celui de Constantinople (voir le module histoire du christianisme). Chacun d’eux est à la tête d’une Église, latine d’un côté et grec de l’autre, puis catholique et orthodoxe. Mais si le monde latin catholique est demeuré très hiérarchisé autour du pape, le monde orthodoxe est pluriel, avec l’émergence de plusieurs Église autocéphales au cours du deuxième millénaire. Ainsi l’Église russe au xve siècle qui se dote de son propre patriarche, celui de Moscou, potentiellement rival de celui de Constantinople ; on voit cette rivalité se réactiver aujourd’hui.

Dans ces deux mondes catholique et orthodoxe, les ministres de culte, diacres, prêtres et évêques, reçoivent le sacrement de l’ordre, l’ordination. Cela crée une différence entre les laïcs (qui n’ont pas reçu ce sacrement de l’ordre et qui peuvent recevoir le sacrement du mariage) et les clercs (qui reçoivent le sacrement de l’ordre et qui ne peuvent recevoir le sacrement du mariage). Il y a une différence toutefois : aucun clerc catholique ne peut être marié ; dans le monde orthodoxe, c’est également le cas des évêques et des moines, en revanche, des hommes mariés peuvent recevoir l’ordination pour devenir prêtres (popes). Dans aucun cas, les femmes ne peuvent recevoir le sacrement de l’ordre (et donc ni prêcher ni donner les sacrements). Cependant, elles peuvent avoir une vie religieuse et exercer un rôle religieux, comme les diaconesses, attestées dès les premières communautés, ou les moniales et les béguines (notamment en Europe rhénane, à partir du début du 2e millénaire). Aujourd’hui, dans le monde catholique, si la position de l’Église s’est assouplie par rapport à la femme (au regard de l’homme), il n’y a pas eu d’évolution quant à la possibilité d’un ministère féminin, alors même que les débats augmentent à ce sujet et que de plus en plus de tâches sont assumées par les femmes dans les églises catholiques.
Dans le monde protestant, l’idée du sacerdoce universel (quiconque qui le peut et qui est reconnu capable par la communauté, peut prêcher) a conduit à accepter que les ministres de culte puissent être mariés et que l’agrément qu’ils reçoivent des organismes ecclésiastiques ne soit pas un sacrement. Les luthériens ont de plus conservé une hiérarchie héritée du catholicisme romain : pasteur, doyen et inspecteur ecclésiastique. L’idée de sacerdoce universel amène potentiellement à une ouverture du ministère pastoral aux femmes. Mais le poids des mentalités et l’accent mis sur les textes bibliques, ce qui conduit à valoriser le discours paulinien affirmant que l’homme est supérieur à la femme ontologiquement et historiquement, furent longtemps un frein à cette évolution. Néanmoins, de nombreuses femmes protestantes jouèrent un rôle au sein des communautés protestantes. À la fin du xixe siècle, des Églises évangéliques furent les premières à ouvrir le pastorat aux femmes. Elles furent suivies par la plupart des Églises réformées et luthériennes après 1945.